Η οργάνωση της Ρυθμιστικής Αρχής Λιμένων διέπεται από το ν.4389/2016 και το Π.Δ. 19/2016, όπως ισχύουν.
Το οργανόγραμμα της Αρχής παρουσιάζεται εποπτικά στο Γράφημα που ακολουθεί:
Η Διοίκηση της Αρχής επικουρείται από: (α) τη Γραμματεία, (β) το Γραφείο Νομικής Υποστήριξης και (γ) το Γραφείο Επικοινωνίας. Τα δύο τελευταία είναι αυτοτελή και υπάγονται απευθείας στον Πρόεδρο. Στον Πρόεδρο υπάγονται επίσης οι Επιστημονικοί Συνεργάτες. Υπό της ανώτατης διοίκησης βρίσκεται η Γενική Διεύθυνση, στην οποία υπάγονται (α) η Διεύθυνση Παρακολούθησης και Ελέγχου Αγοράς και (β) η Διεύθυνση Διοικητικής και Οικονομικής Υποστήριξης.
Στην πρώτη Διεύθυνση υπάγονται τα Τμήματα: (α) Εποπτείας, (β) Ανάλυσης και Οικονομικής Τεκμηρίωσης, (γ) Τεχνικής Αξιολόγησης Λιμενικών Έργων, και (δ) Νομικής Τεκμηρίωσης και Γνωμοδοτήσεων. Στη δεύτερη υπάγονται τα Τμήματα: (α) Οικονομικής Διαχείρισης, (β) Διοίκησης Προσωπικού, και (γ) Τεχνολογίας − Πληροφορικής και Επικοινωνιών. Οι οργανικές θέσεις της Αρχής, εκτός της Διοίκησης είναι 35 (25 θέσεις Ειδικού Επιστημονικού Προσωπικού και 10 θέσεις Διοικητικό Προσωπικό)